El análisis de imágenes se ha convertido en un pilar fundamental de la investigación en ciencias de la vida. La diversidad de modalidades de imagen y el desarrollo de técnicas avanzadas de microscopía han generado la necesidad de flujos de trabajo de procesamiento y análisis de imágenes para obtener resultados cuantitativos de manera factible. El 'Computer Optimized Microscopy Workshop' ofrece una serie de sesiones teóricas y prácticas mixtas con el objetivo de mostrar el flujo de trabajo de procesamiento de imágenes necesario para extraer información cuantitativa sobre diferentes técnicas básicas y avanzadas de microscopía. Desde el principio hasta el final, se proporcionará una visión general de los conceptos básicos de procesamiento de imágenes, seguida de un enfoque más detallado en aplicaciones específicas.
El curso está dirigido a investigadores y miembros del personal de instalaciones que trabajan con imágenes digitales obtenidas mediante una variedad de técnicas de microscopía óptica. Aunque no se requiere experiencia previa en procesamiento de imágenes, se recomienda tener conocimientos en este campo.
Idioma del curso: Inglés
2 - 6 de octubre de 2023.
Facultat de Biologia, Edifici Prevosti, aula IP3
Av. Diagonal, 643. 08028, Barcelona.
Software utilizado: Fiji
Módulos generales:
• Parámetros para optimizar la adquisición de imágenes
• Introducción a algunas herramientas de Fiji
• Restauración de imágenes
• Segmentación y operaciones binarias
• Automatización del proceso: introducción al lenguaje de macro de ImageJ
Aplicaciones específicas:
• Colocalización de moléculas
• Seguimiento de células
• Reconstrucción 3D
• Análisis de FRAP
• Cribado de contenido alto
• Aprendizaje automático/aprendizaje profundo
• Programación de macros para aplicaciones específicas
Es necesario que el alumno disponga de un portátil personal para la realización del workshop.
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Cuota de inscripción: 350€
La cuota de inscripción incluye admisión, materiales del taller, cena social, almuerzos y pausas para café. El pago de la cuota de inscripción debe realizarse únicamente después de haber sido aceptado en el curso. La aceptación o no en el curso se comunicará 10 días después del cierre de las preinscripciones mediante correo electrónico.
Presentación de carta de motivación:
Se solicita a los candidatos que envíen una carta de motivación (máximo 250 palabras) explicando su experiencia en el campo y su interés en este curso.
Fecha límite para la inscripción: 31 de julio
Para más información, por favor, contáctenos: com_workshop@ccit.ub.edu
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| Hora | Sesión | Formador |
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| 09:00 - 9:30h | Welcome | Manel Bosch |
| 09:30 - 11:00h | Optimization of image acquisition | José Manuel Morante |
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| 11:00 - 11:30h | Coffee break | |
| 11:30 - 13:30h | Quantifiable parameters in Fiji | José Manuel Morante |
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| 13:30 - 15:00h | Lunch | |
| 15:00 - 17:00h | Image restoration: Filters | José Manuel Morante |
| 17:00 - 17:30h | Coffee Break | |
| 17:30 - 19:30h | Image segmentation I: Segmentation methods | Manel Bosch |
| Hora | Sesión | Formador |
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| 09:00 - 11:00h | Image segmentation II: Binary operations | Manel Bosch |
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| 11:00 - 11:30h | Coffee break | |
| 11:30 - 13:30h | 3D Reconstruction | Manel Bosch |
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| 13:30 - 15:00h | Lunch | |
| 15:00 - 17:00h | Introduction to macro language | Gemma Martín/María Calvo |
| 17:00 - 17:30h | Coffee Break | |
| 17:30 - 19:30h | Introduction to macro language | Gemma Martín/María Calvo |
| 21:30 | Social Dinner | |
| Hora | Sesión | Formador |
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| 09:00 - 11:00h | Colocalization | Manel Bosch |
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| 11:00 - 11:30h | Coffee break | |
| 11:30 - 13:30h | FRAP | Diego Megías |
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| 13:30 - 15:00h | Lunch | |
| 15:00 - 17:00h | Mitochondrial Morphology Analysis | María Calvo |
| 17:00 - 17:30h | Coffee Break | |
| 17:30 - 19:30h | Mitochondrial Morphology Analysis Macro programming | María Calvo |
| Hora | Sesión | Formador |
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| 09:00 - 11:00h | Cell tracking | Joan Repullés |
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| 11:00 - 11:30h | Coffee break | |
| 11:30 - 13:30h | Organelle Contacts Analysis: ContactJ | María Calvo |
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| 13:30 - 15:00h | Lunch | |
| 15:00 - 17:00h | ContactJ Macro Programming | Gemma Martín |
| 17:00 - 17:30h | Coffee break | |
| 17:30 - 19:30h | MosaicExplorerJ: 3D stitching of TB datasets | Julien Colombelli |
| Hora | Sesión | Formador |
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| 09:00 - 11:00h | High content screening | Anna Lladó |
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| 11:00 - 11:30h | Coffee break | |
| 11:30 - 13:30h | Machine/Deep learning for HCS | Chong Zhang |
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| 13:30 - 15:00h | Lunch | |
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Organización
Centres Científics i Tecnològics. Universitat de Barcelona.
Coordinador: Manel Bosch. Microscopía Óptica Avanzada
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Sponsors
 
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 Manel Bosch. Centres Científics i Tecnològics. Universitat de Barcelona. CCiTUB
Maria Calvo. Centres Científics i Tecnològics. Universitat de Barcelona. CCiTUB
Julien Colombelli. Institute for Research in Biomedicine (IRBB)
Anna Lladó. Institute for Research in Biomedicine (IRBB)
Gemma Martín. Centres Científics i Tecnològics. Universitat de Barcelona. CCiTUB
Diego Megías. Instituto de Salud Carlos III
José Manuel Morante. Biotechnology and Biomedicine (BIOTECMED) of the Universitat de València
Joan Repullés. Institute of Agrifood Research and Technology. (IRTA)
Chong Zhang. Institute for Research in Biomedicine (IRBB)
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Cuota de inscripción: 350€
La cuota de inscripción incluye admisión, materiales del taller, cena social, almuerzos y pausas para café. El pago de la cuota de inscripción debe realizarse únicamente después de haber sido aceptado en el curso. La aceptación o no en el curso se comunicará 10 días después del cierre de las preinscripciones mediante correo electrónico.
Presentación de carta de motivación:
Se solicita a los candidatos que envíen una carta de motivación (máximo 250 palabras) explicando su experiencia en el campo y su interés en este curso.
Fecha límite para la inscripción: 31 de julio
Por favor, complete el formulario de inscripción: Formulario de Inscripción
Para más información, por favor, contáctenos: com_workshop@ccit.ub.edu
NOTAS: Recuerde que esto es una preinscripción. Recibirá un correo electrónico de confirmación 10 días después del cierre de las preinscripciones que indicará si su solicitud ha sido aceptada o no. El número de plazas es limitado. El curso está sujeto a la matriculación de un número suficiente de estudiantes. El estudiante no estará inscrito en el curso hasta que se realice el pago. En caso de cancelar la matrícula por parte del estudiante, este debe informar con 15 días de antelación al inicio del curso.
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