L'anàlisi d'imatges s'ha convertit en una peça clau de la recerca en ciències de la vida. La diversitat de modalitats d'imatges i el desenvolupament de tècniques avançades de microscòpia han fet necessària la utilització de fluxos de treball de processament i anàlisi d'imatges per obtenir resultats quantitatius d'una manera factible. El 'Computer Optimized Microscopy Workshop' ofereix una sèrie de sessions teòriques i pràctiques mixtes destinades a mostrar el flux de treball de processament d'imatges necessari per extreure informació quantitativa sobre diferents tècniques bàsiques i avançades de microscòpia. Des del principi fins al final, es proporcionarà una visió general dels conceptes bàsics de processament d'imatges, seguida d'un enfocament més detallat en aplicacions específiques.
Aquest curs està destinat a investigadors i membres del personal d'instal·lacions que treballen amb imatges digitals obtingudes mitjançant una gamma de tècniques de microscòpia òptica. Tot i que no es requereix experiència prèvia en processament d'imatges, es recomana tenir coneixements en aquest àmbit.
Idioma del curs: Anglès
2 - 6 d'octubre de 2023.
Facultat de Biologia, Edifici Prevosti, aula iP3
Av. Diagonal, 643. 08028, Barcelona.
Software utilitzat: Fiji
Mòduls generals:
• Paràmetres per optimitzar l'adquisició d'imatges
• Introducció a algunes eines de Fiji
• Restauració d'imatges
• Segmentació i operacions binàries
• Automatització del procés: introducció al llenguatge de macro de ImageJ
Aplicacions específiques:
• Colocalització de molècules
• Seguiment de cèl·lules
• Reconstrucció 3D
• Anàlisi de FRAP
• Cribatge de contingut alt
• Aprenentatge automàtic/aprenentatge profund
• Programació de macros per a aplicacions específiques
Es necessari que l'alumne disposi d'un portàtil personal per a la realització del workshop.
|
Quota d'inscripció: 350€
La quota d'inscripció inclou l'admissió, el material del taller, el sopar social, els dinars i els descansos per cafè. El pagament de la quota d'inscripció s'ha de realitzar únicament després d'haver estat acceptat al curs. L'acceptació o no al curs es comunicarà 10 dies després del tancament de les preinscripcions mitjançant correu electrònic.
Presentació de la carta de motivació:
Els candidats han d'enviar una carta de motivació (màxim 250 paraules) en la qual expliquin la seva experiència en el camp i el seu interès per aquest curs.
Data límit per a la inscripció: 31 de juliol
Per a més informació, si us plau, contacti'ns: com_workshop@ccit.ub.edu
|
| Hora | Sessió | Formador |
| |
| 09:00 - 9:30h | Welcome | Manel Bosch |
| 09:30 - 11:00h | Optimization of image acquisition | José Manuel Morante |
| ||
| 11:00 - 11:30h | Coffee break | |
| 11:30 - 13:30h | Quantifiable parameters in Fiji | José Manuel Morante |
|
| 13:30 - 15:00h | Lunch | |
| 15:00 - 17:00h | Image restoration: Filters | José Manuel Morante |
| 17:00 - 17:30h | Coffee Break | |
| 17:30 - 19:30h | Image segmentation I: Segmentation methods | Manel Bosch |
| Hora | Sessió | Formador |
| |
| 09:00 - 11:00h | Image segmentation II: Binary operations | Manel Bosch |
| ||
| 11:00 - 11:30h | Coffee break | |
| 11:30 - 13:30h | 3D Reconstruction | Manel Bosch |
|
| 13:30 - 15:00h | Lunch | |
| 15:00 - 17:00h | Introduction to macro language | Gemma Martín/María Calvo |
| 17:00 - 17:30h | Coffee Break | |
| 17:30 - 19:30h | Introduction to macro language | Gemma Martín/María Calvo |
| 21:30 | Social Dinner | |
| Hora | Sessió | Formador |
| |
| 09:00 - 11:00h | Colocalization | Manel Bosch |
| ||
| 11:00 - 11:30h | Coffee break | |
| 11:30 - 13:30h | FRAP | Diego Megías |
|
| 13:30 - 15:00h | Lunch | |
| 15:00 - 17:00h | Mitochondrial Morphology Analysis | María Calvo |
| 17:00 - 17:30h | Coffee Break | |
| 17:30 - 19:30h | Mitochondrial Morphology Analysis Macro programming | María Calvo |
| Hora | Sessió | Formador |
| |
| 09:00 - 11:00h | Cell tracking | Joan Repullés |
| ||
| 11:00 - 11:30h | Coffee break | |
| 11:30 - 13:30h | Organelle Contacts Analysis: ContactJ | María Calvo |
| ||
| 13:30 - 15:00h | Lunch | |
| 15:00 - 17:00h | ContactJ Macro Programming | Gemma Martín |
| 17:00 - 17:30h | Coffee break | |
| 17:30 - 19:30h | MosaicExplorerJ: 3D stitching of TB datasets | Julien Colombelli |
| Hora | Sessió | Formador |
| |
| 09:00 - 11:00h | High content screening | Anna Lladó |
| ||
| 11:00 - 11:30h | Coffee break | |
| 11:30 - 13:30h | Machine/Deep learning for HCS | Chong Zhang |
|
| 13:30 - 15:00h | Lunch | |
|
Organització
Centres Científics i Tecnològics. Universitat de Barcelona.
Coordinador: Manel Bosch. Microscòpia Òptica Avanzada
|
|
Sponsors
 
|
 Manel Bosch. Centres Científics i Tecnològics. Universitat de Barcelona. CCiTUB
Maria Calvo. Centres Científics i Tecnològics. Universitat de Barcelona. CCiTUB
Julien Colombelli. Institute for Research in Biomedicine (IRBB)
Anna Lladó. Institute for Research in Biomedicine (IRBB)
Gemma Martín. Centres Científics i Tecnològics. Universitat de Barcelona. CCiTUB
Diego Megías. Instituto de Salud Carlos III
José Manuel Morante. Biotechnology and Biomedicine (BIOTECMED) of the Universitat de València
Joan Repullés. Institute of Agrifood Research and Technology. (IRTA)
Chong Zhang. Institute for Research in Biomedicine (IRBB)
|
Quota d'inscripció: 350€
La quota d'inscripció inclou l'admissió, el material del taller, el sopar social, els dinars i els descansos per cafè. El pagament de la quota d'inscripció s'ha de realitzar únicament després d'haver estat acceptat al curs. L'acceptació o no al curs es comunicarà 10 dies després del tancament de les preinscripcions mitjançant correu electrònic.
Presentació de la carta de motivació:
Els candidats han d'enviar una carta de motivació (màxim 250 paraules) en la qual expliquin la seva experiència en el camp i el seu interès per aquest curs.
Data límit per a la inscripció: 31 de juliol
Si us plau, ompliu el formulari per a registrar-vos: Formulari d'Inscripció
Per a més informació, si us plau, contacti'ns: com_workshop@ccit.ub.edu
NOTES: Recordeu que això és una preinscripció. Rebrà un correu electrònic de confirmació 10 dies després del tancament de les preinscripcions indicant si la seva sol·licitud ha estat acceptada o no. El nombre de places és limitat. El curs està subjecte a la matriculació d'un nombre suficient d'estudiants. L'estudiant no estarà inscrit en el curs fins que es realitzi el pagament. En cas de cancel·lar la matrícula per part de l'estudiant, aquest ha d'informar amb 15 dies d'antelació a l'inici del curs.
|
|
